什么是DCTP?定义和用例

一本数字书,突出显示了一个数字

什么是脱氧三磷酸(DCTP)?

2'-脱氧5'-三磷酸(或DCTP)是三磷酸核苷(核苷酸),含有胞嘧啶作为其嘧啶碱。它还具有连接到三个磷酸单元的脱氧核糖糖。它的化学公式为c9H16n3o13p3并具有467.1569 g/mol的分子量。该化合物的CAS数为2056-98-6-该数字由化学摘要服务(CAS)给出,直接参考该化合物的信息。

在双链DNA中,DCTP与DGTP配对,形成三个氢键,而DatpDTTP通过形成两个氢键来制作一对。因此,链中的GC含量最大程度地提高了结构的稳定性,并确定其物理特性,例如其熔化温度。

其他一些胞嘧啶的衍生物(例如,在亚硫酸盐治疗后产生的甲基化和DUTP形成的5-甲基 - 胞嘧啶)也具有在生物体中执行的基本功能。

亚硫酸盐处理和使用对甲基化敏感限制酶(有或没有甲基化处理)是两种方法,可用于检测基因组DNA中DCTP的甲基化。

本文提供了DCTP及其在实验室和其他生物体中的用途的完整概述。此外,它涵盖了其结构表示及其工作机制。

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DCTP用例和功能

DCTP(包括其他DNTP,例如DATP,DGTP,DCTP和DGTP)在体内和分子生物学实验室内有多种用途。从本质上讲,它们有助于确定生物体代谢功能的工作机制。此外,它们还用于研究生物的演变或任何新物种对特定家族的分类(通过DNA测序)。

DCTP的一些其他用途和功能如下:

  • 在实验室中,DCTP(和其他DNTP)用于测序,克隆,cDNA合成和库制备等测定法中下一代测序
  • 准备大约100 mm溶液(在水中)DCTP的浓度用于体外PCR,逆转录,RT-PCR,实时PCR,高保真性和DNA标记反应(除其他试剂和消耗品外,包括模板DNA,基因特异性引物对,DNTP混合物,TRIS缓冲液,水,热块循环蛋白和PCR管)。
  • 染料DCTP用于微阵列,原位杂交和吸毒应用程序产生标记的DNA探针。
  • 在生物体中,它用于合成DNA(脱氧核糖核酸)。
  • 它还作为代谢产物参与了几种生物学过程,包括二氢吡啶酶缺乏症,β尿肽酶缺乏症,嘧啶代谢,UMP合酶缺乏症和线粒体神经胃腔静脉穿刺术。

在碳五上修饰的胞嘧啶是重要的表观遗传修饰,有一系列角色。它在生物体中的某些功能是:

  • 修饰的化合物充当十个易位(TET)酶和相关氧化途径的底物。
  • 除了产生完全甲基化的能力外,还可以使用5-甲基-DCTP进行多种​​生化和细胞功能。
  • 5-甲基-DCTP的溶液在10毫米溶液中在Milli-Q™水中制备,并在260 nm处取吸光度以测量核苷酸浓度。

大多数实验室工作流程中使用的市售DCTP可以存储在-20摄氏度中。还强烈建议参考材料和安全数据表(MSD或SDS),以了解您为实验购买的DCTP核苷酸的质量。

此外,确保数据表突出了这四个素质:

  • 化合物的高稳定性。
  • 纯度等于或超过99%。
  • 使用HPLC测试。
  • 没有人类和大肠杆菌脱氧核糖核酸。

DCTP如何工作?

DCTP包含三种磷酸盐通过磷酸氢键结合在一起。这些高能赤道键释放能量进行水解(在分子之间使用水来打破一个或多个化学键的反应)。

在DNA复制过程中,由于酶,DNA聚合酶的损坏而释放的能量,将DCTP(和其他DNTP)添加到新合成的DNA链中。

(DNA)N + DCTP↔(DNA)N-C + PPI

在DNA合成过程中:

  • DCTP中存在的焦磷酸键(PPI,其中两个磷原子被排列为P – O – P)。
  • 键的破裂导致核苷单磷酸盐的形成。
  • 核苷单磷酸盐在新形成的DNA的3'端掺入。

DCTP如何与其他DNTP一起合并到DNA中?

DCTP是形成DNA结构(与核糖糖和三磷酸)的四个DNTP(脱氧核苷酸三磷酸)之一。

  • DNA在5'至3'方向上形成。
  • 所有传入的基础都添加到生长链的3'端。
  • DNA的3'末端包含一个羟基,并且在遇到传入的三磷酸核苷后,该羟基攻击了磷酸α磷酸基团。
  • 由于3'-OH取代了β和γ磷酸盐,因此从复合物中弹出了焦磷酸分子。
  • 在成长中的女儿链和下一个核苷酸之间形成磷酸二酯键。
  • 然后反应重复,并以相同的方式将随后的氮碱添加到生长的链中。

DCTP结构

DCTP由嘧啶胞嘧啶碱,戊糖糖(脱氧核糖)和三个磷酸基团组成。

它的首选IUPAC名称- IUPAC根据其结构和化学成分给出的化合物的名称是:

[[((2R,3S,5R)-5-(4-氨基-2-氧吡啶蛋白-1-基)-3-羟基氧氧甲醇-2-基]甲氧基羟基磷酸磷酸磷酸磷酸

数字:脱氧三磷酸(DCTP)的二维结构表示。

DCTP结构

CTP(三磷酸细胞二氨酸)不应与DCTP(脱氧三磷酸)混淆。三磷酸细胞磷酸含有羟基的2'位置,而三磷酸脱氧胞苷含有脱氧核糖糖(在其2'Position中仅具有氢原子,而不是羟基的氢原子)。CTP用于RNA的形成,而DCTP用于DNA。

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脱氧三磷酸(DCTP)是由胞嘧啶,脱氧核糖糖和三个磷酸基组成的核苷碱。它涉及形成DNA结构,以及其他氮基碱,包括腺嘌呤,鸟嘌呤和胸腺素。

该分子在几种代谢途径中也充当代谢物,并参与某些疾病。它还在实验室中用于体外分子生物学工作流程,包括PCR,DNA测序以及核苷酸浓度的测定。

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